心源性腦栓塞急性期應該盡早進行抗凝治療，何時啟動抗凝藥取決于出血傾向和梗塞面積，面積大、容易出血，抗凝尤其需要謹慎。一般在臨床上遵循1-3-6-12的抗凝原則，如果腦栓塞發生后，癥狀很快就完全恢復，發病1天就可以抗凝；對于沒有引起殘疾的小面積梗塞，一般在3天后開始抗凝；中等面積的梗塞，發生了一定程度的功能障礙，應該在6天后使用；大面積的梗塞至少要等待12天；如果梗塞面積大，伴有出血轉化，或者病人有出血傾向，應該在發病2-3周以后，經過神經科醫師的專科評估，再啟動抗凝。以前得過心源性腦栓塞的病人，要定期監測血常規、血凝，長期使用抗凝藥。
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